Если он подает заново, то вообще речь о предыдущей подаче не идет. И что он объяснит? Что не он заполнял анкету? Что он не виноват, виновато агенство? Это не серьезно. Я бы после таких аргументов явно доверия бы не проявила.
Если он готов все сам подготовить, и Вы говорите, что у него все хорошо, и работа, и фин.обеспечение, пусть готовит сам тщательно документы, в том числе и справки с работы о зарплате, и о том что он в это время в отпуске, и за ним сохраняется место и зарплата. Еще важна цель поездки. У него она какая? Если он едет к Вам, то напишите от руки письмо-приглашение, что Вы его приглашаете, и может добавьте копию своего документа (паспорт, внж, а может если у Вас есть возможность - сделайте официальное приглашение) он тоже приложит с документами и подаст.
При самостоятельной подаче документов его будут спрашивать, куда едет, зачем, на сколько. Если все пройдет нормально, он не будет путаться и т.д. вряд ли ему откажут.
Конечно, если Ваш товарищ готов подавать апелляцию, то это тоже вариант, именно в ней он может объяснить что и как, заново послать анкету- которую заполнит уже сам и подпишет (и, кстати, это одно из важных требований немецкого посольства "собственноручно подписанная анкета с фото". Возможно еще какие документы, которые подтвердят его цель поездки, и гарантии возвращения. По крайней мере в этом случае повторно не платится за визу сбор, НО это будет дольше чем заново подавать документы. Я подавала апелляцию, хоть и ждать не хотела, потому что на будущее знала, что выйду замуж, и что мне еще не раз ездить придется, оттого шла на такую "плату" временем.