Существуют правила для всех стран шенгенской зоны:
Если виза выдана например Италией, то страна въезда в шенген должна быть именно Италия. Если Чехия, то Чехия. А дальше куда угодно, обратный выезд уже не имеет значения, из какой страны.
На практике, если у вас виза Италии, то можно въехать и через Германию. Никто вас арестовывать или разворачивать обратно не будет.
Проблема возникает позже, при повторном получении визы в страны шенгена, даже например в другую страну не Италию. В посольстве обязательно сморят правильно вы въехали или нет.
Если у вас была Итальянская виза, а прилетели вы через Германию, то это уже нарушение и в следующий раз вам могут отказать в визе.
Если вы летите транзитом, например в Италию через Германию, и не покидаете таможенную зону (т.е. вам не ставят штампик о пересечении границы Германии) то проблем не будет.
Все это распространяется на тех кто получает визу в Европу впервые, если у вас за спиной уже несколько поездок в шенген или действующая мультивиза, то проблем не будет.
Сразу скажу, во избежание флуда...
Я знаю про ситуацию по опыту своих друзей. А во-вторых об этом вам обязательно должны рассказать в любом нормальном турагенстве.