Однако он не запретил христианство, напротив, разрешил вернуться сосланным клирикам, что привело лишь к новым волнениям. Донатисты, которые славили императора как оплот справедливости, отчистили вновь обретенные «молельни» сверху донизу соленой водой, выскребли дерево алтарей и известь стен, быстро обрели утраченные со времен Константа и Констанция сильные позиции и вкусили от наслаждения местью. Они объявили насильственное обращение католиков, грабили уже со своей стороны их церкви, сжигали их книги, алтари, выбрасывали чаши и лампады из окон, а просфоры — собакам и столь дурно обращались с противными им клириками, что некоторые умерли. Они держали верх до 391 г, по крайней мере в Нумидии и Мавритании.

К евреям Юлиан относился дружественно, что, конечно, еще больше разожгло к ним ненависть христианских проповедников «Евреев охватил бешеный восторг», — издевается Ефрем, который зрит «обрезанных» танцующими «с литаврами и трубами» на монетах Юлиана «так как они узнали в нем их прежнего тельца». Хотя Юлиан, приверженец политеизма, и критикует Ветхий Завет, его строго монотеистическое учение, его заносчивую спесь избранничества, Яхве он, однако, ставит на одну ступень с богами, более того, — при случае соглашается с евреями, что они почитали «могущественнейшего и лучшего» бога Одной из еврейских делегаций, посетившей в июле 362 г Антиохию, он разрешил не только восстановление Иерусалимского храма, но и гарантировал свою поддержку, видимо, даже (род предвосхищения «сионизма») собственную территорию Иудейская диаспора реагировала восторженно Следующей весной, когда Юлиан отправился в Персию, началось энергичное восстановление храма, которое, правда, не было закончено. В конце мая, в храме произошел пожар, оцененный христианами как чудо, а в июле скончался Юлиан.