Как уже его отцу, христианство служило и Констанцию инструментом политики, не наоборот. Поэтому с началом своего единовластия он добивался церковного единства; конечно, по-другому, чем Константин с помощью ариан. Таким образом, он сослал постепенно в ссылку немало католических прелатов, среди них Афанасия, Павла из Константинополя, Илария из Пуатье Других он долго удерживал, подобно папе Либерию и Хосию из Кордобы «Что я хочу, с тем должен считаться и церковный закон», — объяснил он в Милане в 355 г. «Или вы повинуйтесь, или отправляйтесь в ссылку». А в 359 г он подчинил себе в Римини почти всех епископов Запада. Он также продолжил еще Константином начатое преследование донатистов в Африке и выступал иногда даже против арианский группы, евномиан, приказав при этом сослать 70 епископов.

Евреев Констанций наказывает еще свирепей, чем его отец. Закон от 339-го года, называющий их «пагубной сектой», места их собраний «базарной площадью») concilinbula), запрещает всякое препятствование еврею стать христианином и предписывает за нарушение сожжение на костре. Но если еврей мог и должен перейти в христианство, то переход христианина в иудаизм император запретил и облагал это «заслуженным» наказанием, — конфискацией имущества. Брак между евреем и христианкой был строго запрещен, вообще всякий перевод женщин в еврейское «позорное общество». Евреи не должны «приобщать христианских женщин к своим порокам.