А как можно верить, что Мария родилась без первородного греха?`
Что она осталась девственницей и после родов?

Данные верования не разделяются большинством Протестантов, также как и культ почитания "Богородицы".

А как можно верить, что радуга это символ Завета Бога с людьми, а не обычное природное явление

Не вижу противоречия.

А как можно верить, что существует минимум три неба?

2 Знаю человека во Христе, который назад тому четырнадцать лет (в теле ли - не знаю, вне ли тела - не знаю: Бог знает ) восхищен был до третьего неба. link
В данном случае "Небо" означает не физическое небо, а символическое. Первое "небо" или власть в духовном мире над людьми существовало до Потопа, второе современно нам, а третье "небо" означает Небесное Царство, которое заменит современный нам миропорядок. Сравни 2 Петра 3 гл.

А как можно верить, что Бог есть любовь и одновременно убийца людей, включая невинных детей

Бог есть воплощение Любви, Справедливости, Силы и Разума одновременно. Эти качества символизируются "лицами" Херувимов из видения пророка Иезекииля:

14 И у каждого из животных четыре лица: первое лице - лице херувимово, второе лице - лице человеческое, третье лице львиное и четвертое лице орлиное. link

Все эти качества находятся у Бога-Творца в совершенном равновесии между собой. Поэтому Бог не только Любовь, но и Справедливый Судья.
По поводу детей, погибших во время исполнения Божьих приговоров грешникам, то относится к этому можно как угодно. Можно сказать, что не все они были безгрешны (разве кроме младенцев), тем более библейская концепция посмертного Суда и воздаяния оставляет для тех несчастных невинных шанс на благополучный исход их "судьбы". За свою смерть им нужно "благодарить" в первую очередь своих родителей, не повершивших предупреждениям Божьих пророков (Еноха, Ноя, Моисея...).