А почему в тексте природа противоставляется Богу,

Противопоставление не в тексте, а в головах.

Разве дух и материя не есть целое и единное - духоматерия?)

Субстанция, называемая духом, на материю сегодня никак не тянет - Вики в помощь.

и почему Бог выражен в некоторых доказательствах за пределами материи?

Потому что если считать богов материальными, но никак не регистрируемыми - означает признать их несуществование.

Поэтому чтобы хоть как-то оправдать их существование, их ЖИЗНЕННО необходимо было поместить в другое измерение,

сделать нематериальными, то есть теми, кого люди называют духовные существа. Тогда их отсутствие (несуществование) в материальном мире можно хоть как-то объяснить...

О, какой интересный оборот набирает тема)

Нормальный оборот - я тоже о любви говорю, только в любви к кому или чему определиться бы для начала: в реальность существующую за пределами материального мира,

или в выдумку людей для решения своих задач...