Безудержно критиковал все религии, в особенности догмы ислама. Ахундов считал, что все религии «Абсурд и вымесел», которые являются главным препятствием в развитии и распространения просвещения, науки и культуры. Ахундов отвергал идею о Боге как первопричине мира, источнике бытия Вселенной, придерживаясь той точки зрения, что бытие Вселенной «…в своём происхождении не нуждается в каком-либо другом бытии и есть единое, целое, могущественное, совершенное, всеобъемлющее существо, источник множества бесчисленных разнообразных частиц вселенной относительно их субстанций…» В 1875 году он писал, что одной из причин, тормозящей процесс родного ему народа, является паломничество в Мекку, куда«ежегодно шляется миллион из Кавказского края без всякой пользы…» В своём философском труде «Три письма индийского принца Кемал-уд-Довле к персидскому принцу Джелал-уд-Довле и ответ на них сего последнего» Мирза Фатали выступал с антиисламских позиций, называя учение Мухаммеда «системой надувательства простолюдинов», а Аллаха «кровопийцей и террористом», «безнравственным и жестоким эгоистом» и так далее. Он писал: «Теперь нужна одна наука, которая ведет к цивилизации, а религия, основанная на суеверии, — пустой призрак