не знаю как в православных церквях, а в протестанских зачастую вино(вернее виноградный сок, алкоголь не искользуют) разливают в 30 грамовые одноразовые стаканчики. Знаю одну церковь, где всёже используют несколько серебрянных кубков, которые пускают по рядам. И кстати многие поэтому из кубка не пьют, хлеб возьмут, а кубок просто дальше передают. У Свидетелей Иеговы такое событие бывает только раз в год, но они вообще не принимают ни хлеб, ни вино вовнутрь: чисто символически передают по ряду из рук в руки (после собрания желающие могут отведать по-настоящему, но уже без символизма, а просто как еду).
Ну а насчет антисанитарии... В церквях обычно чисто, регулярно убираются все помещения. Ежели принятие вина из одного кубка антисанитарным назвать, то туда же следует отнести и рукопожатие (обычно на входе пара служителей встречая, всем руки жмут), поцелуи (некоторые целуются), а некоторые народы целуются при встрече (даже мужчины). Можно назвать антисанитарным: повод есть, а нет так найти без проблем...