Что ж Вы и критику на эту гипотезу не привели, например любую, которая отрицает гипотезу "мусорной ДНК", что не является само пор себе отрицанием эволюции, но ставит под большое сомнение довод ретровирусами?
Если коротко, то доказательства эндогенными ретровирусами подразумевает верность гипотезы "мусорной ДНК", которая говорит, что ДНК имеет немало мусора, который не имеет никакой функции, в этой части и находятся ретровирусы, где им и место (копирование встроенной вирусной последовательности подавляется клеткой хозяина). Но как оказывается некоторые генетические последовательности, считающиеся эндогенными ретровирусами, выполняют важную функцию, например являются промоторами в ДНК*** или какую другую функцию, что сразу ставит под вопрос доказательства эндогенными ретровирусами, ведь это означает одинаковые функции одинаковых последовательностей, что нередко у организмов, даже сильно разнесённых друг от друга по эволюционному дереву. Так, примеру, механизмы окукливания у гусениц и процессов пубертатного периода у людей запускают одни и те же генетические последовательности. Чего уже говорить о ДНК шимпанзе и человека, там столько совпадений, что тогда излишни ретровирусы.
Это обстоятельство с неоднозначностью "мусорной ДНК" используют креационисты для дискредитации эндогенных ретровирусов - функция есть, и она заложена Богом, индиция на творение с умыслом.
____
*** Sarah Prudhomme, Guy Oriol, François Mallet "A Retroviral Promoter and a Cellular Enhancer Define a Bipartite Element Which Controls env ERVWE1 Placental Expression" Journal of Virology http://jvi.asm.org/content/78/22/12157.short