Видите ли, Борис.
Господь НИГДЕ не доказывает, что Он есть.
Это подается Им как неопровержимый факт.
И если Вы внимательно посмотрите вокруг, особенно на людей и природу, то Вам прийдется согласится, что всё это не могло произойти по воле слепого случая.
У истоков всего существующего, должен стоять разум.
Поскольку все держится по определенным, строго предусмотренным законам.
То, что выходит за рамки этих законов, обреченно на забвение.
Так вот, эти законы, а вместе с ними и ту материю, к которым они, законы, созданы, могла создать Личность, возможности Которой неограничены ни временем, ни пространством, и ни какими другими рамками.
По той простой причине, что эта Личность и создавала все, что мы сегодня видим и ощущаем.
Извините, за такое длинное вступление, но это необходимо для того, чтобы Вы поняли, с Кем мы имеем дело.
Теперь, что касается приведённых Вами стихов из Торы.
Для меня это аксиома, которая не противоречит моим духовным взглядам.
Аксиома потому, что на сегодня, ни одна ученная гипотеза о сотворении мира, так и не нашла потверждения на практике.
Есть предположения, основанные на том, что если законы природы остаются неизменными постоянно, то тогда это должно быть так-то и так-то.
Но в этом случае, гораздо реальней говорить о развале всего мироздания, чем о том, что мы сегодня имеем.
Но мы видим, что мир постоянно создается, и преобразуется, по определенной програме, которую мог заложить только Разум, но ни как не слепой случай.
В Торе просто говорится, об определенном времени, когда уже существовала земля и небо.
Это как бы исходная точка, с которой начинается история земли, и её обитателей.
Попробуйте принять и принять это, как реальный факт, не имеющей альтернативы.

Естественно.
Поскольку Тора - это Учение Бога о Боге, и Его воле, по отношению ко всему Его творению.
И Господь это не скрывает.
Кстати, коль Вы уже начали читать Писание, то рекомендую поразмыслить над 38-й и 39-й главами книги Иова.
На мой взгляд, там кое-что можно полезное подчерпнуть.

Я так лично понимаю, что это была обыкновенная вода.
Ну та, что мы пьём, и умываемся.
А что Вас в этом смущает???