Большинство важнейших эволюционных преобразований совершилось довольно внезапно вскоре после появления многоклеточных организмов примерно 600 миллионов лет назад в кембрийский период. Типы строения тела, сформировавшиеся в то время, стали в общих чертах основой тех, что существуют сегодня. За последние сотни миллионов лет не появилось новых типов строения организмов. а древние оказались необычайно устойчивыми ко всем изменения окружающей среды... Все известные типы животных, ископаемые останки которых хорошо сохранились до наших дней, появились в течение 60 миллионов лет кембрийского периода. В сравнении с общей историей всей биологической эволюции (по некоторым данным 3,5миллиарда лет) это означает , что все типы животных появились практически внезапно и одновременно... После кембрия скорость появления новых классов животных, представляющих собой более низкий уровень подразделений царства животных, катастрофически упала и практически неотличима от нулевой .
По первоначальной базовой эволюционной теории хаотичного перебора варинтов Земля должна бы быть усеяна миллиардами останков неудачных уродов, поскольку позитивных хаотичных мутаций не зафиксировано наукой вообще. Хаотичные радиационные и химические мутации всегда происходят только в одну сторону - ухудшения.
Более того, геном содержит несколько степеней защиты от изменений, и одновременно, собственную программу развития, когда требуется приспособление. Т.е. требуемые изменения, всегда происходят только с "согласия" генома. Никакие внешние давления не могут заставить это "согласие" обойти - вид просто погибает.
Так что Вы правы - никакой фиксации перехода одного вида в другой в последние 600млн. лет зафиксировать невозможно. Всё, что возможно научно наблюдать - только приспособление.
Были ли подобные переходы в кембрии - тоже под сомнением, которое пытается развеять теория горизонтальной эволюции. Но там пока полный тупик - эукариоты тоже, оказывается, законченные, и не поддающиеся внешним изменениям организмы, и их геномы тоже не собираются меняться по любому случаю.