Ну потому что слово "мантра" в санскрите и ведийском языке мужского рода, независимо от того как рассматривают другие языки. Вас однако не удивляет что слово "мир" в русском мужского, а в немецком "вельт" женского?
"Мантр" однако это уже транслитерация, перенос слово зарубежного в другой, в данном случае в русский, и в русском не так много слово мужского рода с окончанием на А. "Мантр" представляется более гармонирующим употреблением мужского рода с русс языком. Но если оставить "мантра", то будет для неподготовленного читателя несколько резать слух. Также как и "дхарма - дхарм", "веда-вед" и пр. Есть однако вариант когда соблюдается и санскритская грамматика применит к мужскому роду и звучание фонетическое схоже с русс: "мантрам", "щлокам" вместо "щлока". Окончание "м" самая что ни на есть грамматика санскрита мужского рода.
Переводы с санскрита в особенности теологические ,требуют введения в язык новых терминов,должным образом объясненных разумеется.Даже в худ литературе,например про среднюю азию,появляются такие понятия как "арба,арык,бакшиш и пр" ,и никто не сокрушается, что их не перевели или перевели как то "странно". Но если то или иное слово в санскрите многозначно,например "саттва","дхарма" то в терминологии оно должно быть однозначно.