А где пятая строчка? :)
5 И свет во тьме светит, и тьма не объяла его.
Откуда тьма? Была до света? Или Бог создал её? Зачем? Света одного мало было?
Также примечательно, что Вы сослались на Иоанна, говоря "вот как выглядит библейская космогония", в то время как строки из Бытия скромно опущены - почему? Неудобная там космогония, более египетскую напоминает?

Я ковчег в пример привёл, как быть с ним?

С переходными формами и в учении биологической эволюции беда :) Но продемонстрировать развитие религиозной мысли всё же можно. Буддизм и джайнизм, к примеру, принято считать реакцией на засилье жреческого культа и обрядов, в данном случае касты брахминов. В рамках реакции появились учения, которые помимо отрицания обряда и посредничества жрецов вводят новый фактор - социально-нравственный, по которому надо ориентироваться в жизни. В то время как в джайнизме ещё существует пантеон, буддизм идёт ещё дальше, упраздняя всех существующие сверхсущности, заменяя их на абстрактный "реальный мир" нирваны и противопоставляя ему наш феноменальный мир, являющийся источником страданий.

И вслед за Курбаном влезаете в противоречие, противопоставляя адаптацию и развитие (эволюцию). Формы адаптации сложны и многообразны, иногда легко спутать адаптивное упрощение с регрессом, но в целом это всё равно будет развитием, движением вперёд (хвост у человека изчез -- субъективно - упрощение, регресс). Если что-то существует и продолжает существовать несмотря на изменяющиеся условия, значит это "что-то" обладает адаптивными способностями, не позволяющими исчезнуть в небытие, значит это "что-то" имеет потенциал развития, предполагающее самомодернизацию, что обозначает в свою очередь прогресс и в конечном итоге - эволюцию.