Хорошо, давайте глянем что у Вас:

Во первых Вы говорите за всех! Может кто и отрецает, но далеко не все. Чтобы верить в одно не обезательно отрицать другое. Одно другому не мешает. Да и к тому же помимо теизма, есть ещё пантеизм,деизм и итсизм. Верующие бывают разные, не обобщайте и не преписывайте ко всем что все они "отрицают самоорганизацию материи". Вам просто хочется ВЕРИТь в это.
Во вторых говоря о разуме мы судим по себе, представляя что разум обезательно должен находиться в некой материи, типа мозга, но на самом деле мы ещё не знаем что такое "разум" и в каких формах он может находиться. Некоторые даже думают что сама вселеная разумна. Короче что я хочу сказать, что под "разумным творцом" может быть многое.
В двух словах так:
1. Верующие разные
2. Разумный творец может быть разным.
Я как-то делал одно сравнение:
Ели мы в лаболатории создадим нечто мелкое живое и мыслящее, посадим их в коробку, сделаем им там все необходимые условия для жизни и закроем, то придёт время и эти существа тоже назовут себя "разумными" и возомнят себя всезнайками. Не в состоянии покинуть пределы своей коробки, они будут вынуждены гадать. Что за педелами коробки? Кто или что нас создало? Они изучат свою коробку и себя, но не больше, а вопрос "кто или что их создало" всегда останеться неотвеченым. Что для них коробка, то для нас может оказаться вселенная.

Логического противоречия? Незнаю, я заметил лишь неудачное обобщение.