Помогите тем, кто рядом, а здесь форма Вашего изложения мыслей у большинства не может ничего иного вызвать кроме как улыбки, причем сочувственной и снисходительной.
Слишком много пафоса.
Как Вам уже отметили, большинство ответов на Ваши вопросы можно найти в учебнике биологии. По некоторым пунктам и знаний-то глубоких не нужно:

Копытами легче землю долбить, когтями легче цепляться, мягкие лапы позволяют бесшумно приближаться к добыче. Все они выработались за миллионы лет в ходе адаптации к окружающему пространству и условиям добывания пищи.

Спросите любого зоолога или орнитолога, он Вам приведет кучу примеров обратного явления. Некоторые так вообще съедают партнера после спаривания.

У каждого вещества есть цвет. Хлорофил дает зеленый цвет листьев. Осенью листва отцветает, изменяется его химическая структура, хлорофилл, отвечающий за выработку энергии из солнечного света, исчезает. Меняется соответственно и цвет.
Ну и так далее, уж извините, не буду каждый пункт по полочкам раскладывать. (Если уж на то пошло, я бы на Вашем месте задал вопрос "Почему в мире, где естественный отбор "отсекает" все лишнее и оставляет только нужное, мозг человека "выбивается" из этого закона?" - человек, как известно, использует лишь жалкие несколько процентов возможностей мозга, возникает парадоксальная ситуация, когда развитие мозга опережает развитие самого человека!)
Другое дело, что у Вас то и дело проскальзывает едва уловимая нить, которую я интуитивно понимаю, но которую Вы все никак не можете сформулировать, отвлекаясь на частности - рога, копыта, семена . Частности можно объяснить другими частностями. Сама бесконечность, безграничность и бесчисленное многообразие форм и явлений, совершенство и неприклонность законов, царящих в мире, могут привести человека к осознанию божественности мироздания, а не "мелочи".
Мироздание (я беру при этом отнюдь не только Землю и царящую на ней физическую жизнь) устроено настолько совершенно, что не поддается разумному объяснению. Ему не видно ни начала, ни конца. Задаваться надо вопросом "Что заставляет все работать и ни разу не давать сбой? Почему миллиарды и миллиарды миллиард явлений, вещей, предметов, законов составляют в целом настолько совершенную и гармоничную картину мира, что нельзя придумать ничего более лучшего?