Я не эксперт, но мне кажется противоречий тут особенных нет, как впрочем и двух различных историй сотворения. Давай посмотрим внимательно. Первый порядок вольно излагая
Небо и землю (тем не менее тьма над бездною, как это понимать?)
Свет (и отделил от тьмы)
Твердь небесную между водами
Соотвественно, глядя сверху вниз слои распределяются следующим образом
земля(будущая суша) - вода - небо - снова вода (именно эта занебесная вода и обрушилась на землю, когда отворились "окна небесные))
Зелень всякая и деревья
Светила для управления светом (заметь, свет уже был создан раньше, раньше Солнца)
Пресмыкающихся (динозавры?) птиц, рыб, млекопитающих (именно в таком порядке)
Наконец человека (И сотворил Бог человека по образу Своему, по образу Божию сотворил его; мужчину и женщину сотворил их. )
Во второй же главе вкратце повоторяется история сотворения, но уже коротко, фактически одним предложением, если убрать разбивку на стихи
Вот происхождение неба и земли, при сотворении их, в то время, когда Господь Бог создал землю и небо, и всякий полевой кустарник, которого еще не было на земле, и всякую полевую траву, которая еще не росла, ибо Господь Бог не посылал дождя на землю, и не было человека для возделывания земли, но пар поднимался с земли и орошал все лице земли. И создал Господь Бог человека из праха земного, и вдунул в лице его дыхание жизни, и стал человек душею живою.
Фактически идет повестование в прошедшем времени кратко описывающее отдельные аспекты творения и их результаты (заметь, почти все стихи здесь отделяются друг от друга запятыми и в оригинале) предваряющее историю сотворения рая. То что дальше написано, относится к созданию рая для людей.
И насадил Господь Бог рай в Едеме на востоке, и поместил там человека, которого создал. И произрастил Господь Бог из земли всякое дерево, приятное на вид и хорошее для пищи, и дерево жизни посреди рая, и дерево познания добра и зла.
Смотри, создается рай, в котором Бог НАСАДИЛ и ПРОИЗРАСТИЛ всякое дерево ХОРОШЕЕ и ДЕРЕВО ЖИЗНИ посреди РАЯ, и ДЕРЕВО ПОЗНАНИЯ добра и зла.
Получается земля к тому времени уже была населена животными и растения произростали тоже, затем создается как бы отделный сад для людей, парк, резиденцию, рай в общем