В ковчег Ноя просто физически не могли влезть все представители земной фауны (да еще по паре), которых мы сейчас наблюдаем (gendy приводил размеры ковчега, был он не таким уж и большим)...
Скорее, потоп коснулся только описываемых в библии мест - мест, где проживали евреи и окрестности. Библия вообще довольно-таки локализирована, она не охватывает всю Землю и народы, живущие вдали от библейских мест... Не станете же вы утверждать, что за пределами Иудеи и приграничных территорий жизни вообще не существовало?
Бог "выводил" евреев, в какой-то момент селекция пошла наперекосяк и Бог просто стер (смыл) предыдущие наработки, оставив один экземпляр, наиболее удачный с его точки зрения, для дальнейшей работы... Ноя можно считать отправным моментом в истории еврейского народа, а не всех людей вообще...
Как и до потопа, так и после Бог совершенно не обращал внимание на другие народы (те, которые были созданы до Адама), так что они вполне могли расселиться по Земле и избежать потопа...
Вообще, к людям, как к виду, у Бога далеко не любящее отношение... Своего любимца (которого он создал отдельно от других людей) он наказал за ослушание и воровство жизнью вне рая, смертностью, работой ради пропитания, женщин - родовыми мучениями... Он наказал тем, что и так было у остальных людей изначально... Значит вообще род людской он недолюбливает, наказал Адама, сровняв его положение с остальными людьми...