Он имеет ввиду, что при клонировании ссылки на объект восстанавливаются как ссылки, а не как объекты со своими полями. Но при сериализации и десериализации ссылки теряются, т.к. уже может не существовать объект, на который ссылаются. Либа по джейсону, что я предлаг, может сохранять ссылки.

Сама идея сериализации - мы вытаскиваем какой-то объект или граф объектов из контекста и разрываем все свази этого графа объектов с контекстом. При десериализации мы восстанавливаем данные графа, но не его связи с контекстом, т.к. обычно уже сам контект либо поменялся, либо уже не существует. Поэтому пре сериализации нет смысла сохранять все ссылки, а только те, что связывают объекты в сериализуемом графе.

Мне надо создать копию объекта без потери контекста, т.к. я генерю её тут же - контекст не успевают измениться. Но я создаю копии лишь данных, а не ссылок. Новую копию я ввожу в контекст, создавая для неё свои ссылки, а не копируя ссылки оригинала. В частности, я генерю для копии новый айдишник. И теперь это копия лишь в смысле данных, но ссылаться на неё нужно уже по своему уникальному айдишнику.