Резюме для программиста
Это из-за того, что люди в каменном веке и еще не открыли для себя WiX :D В каменном веке кругом боль и страдание :D
Вот Викс и есть боль и страдания. Нормальные люди юзают
https://github.com/oleg-shilo/wixsharp
https://www.codeproject.com/Articles/31407/Wix-WixSharp-ma...
Я пробовал (давно) - мне больше понравилось, чем голый Викс. Уже одни подсказки Интеллисенс значительно облегчают работу. На тот момент были лишь маленькие вопросы с неточными соответствиями названий некоторых элементов в Виксе и в Виксшарпе.
Я не знаю, нахрена был придуман Викс на XML. Какой-то отдельной должности "мастер по Викс и XML" в фирмах нет - всё равно всё фигачат обычные разрабы-кодеры. А им проще с кодом общаться. Нет, блин, всё заточили опять на XML, но при этом любой шаг в сторону от столбовой дороги - городи расширяющие модули с кодом. Т.е. гипотетический "мастер по Викс и XML" всё равно должен уметь кодить - т.е. всё равно инсталлятор будет делать обычный разраб-кодер. Так сделайте сразу всё в коде.
По-моему, это было сделано для совместимости с ещё более дремучей и муторной вещью - MSBuild. Так что какие-то сложные инсталляторы народ делал тупо спецприложением (те же Формы или WPF) и делал всё опять в привычном для себя коде.