Если почитаете допустим koder он посмеялся что я Far Manager для программирования использую

Собсно говоря нет. Не смеялся. Вы делаете на коленке эксклюзивные машины, я работаю на конвеере. Качество машин зависит от конкретного программиста, тут разницы нет, но вот сам рабочий процесс у меня надежнее, быстрее, качественнее. Без дебагера я не смогу найти баг.

короче я бы сделал кучу мальнких программ PHP, которые запускаются спомощью AJAX

У вас много самодельных решений. Кто это будет поддерживать, если вы уйдете из проекта?

Мне не нравится что страница собирается на сервере и на PHP, для чего сделали JavaScript?

Я не хочу углублятся в детали, но поверьте - любое решение в серьезном проекте это не просто решениие, а компромисс между различными проблемами. Тонкий и тупой клиент и бизнес-логика на сервере - это решение, выстраданное многими коллективами и наверно поколениями программистов. Поскольку вы работаете один, вы рискуете наступать на грабли, через которые уже все переступили.