Не думаю что вам проблема видится шире. Скорее она вам как обычно видится чересчур узко - через призму "я так привык, мне так удобно".

Хорошо это или плохо?

Отвратительно. И на одни грабли вы уже наступили лично. Но не заметили. Шанс на то, что один и тот же файл будут править в двух ветках (получая конфликты) понижается, если в нём не будет 3000 строк и 5 классов. Ну а если класс один, то тоже стоит постараться разнести. Разбираться в классе с 3000 строк намного веселее чем в классе с 500 строками. Про кратковременную память и от 5 до 9 объектов слышали?

Ну или имя класса/намеспасе/функции не правильное.

Правильное (соответствующее содержанию) имя класса/функции может ускорить разработку и на 1000%. Вместо 4 часов поисков и выяснений "а почему эта функция называется 'сложитьЧисла' а на самом деле она их перемножает", код правится за 5 минут.

Что за боязнь "мержить вручную"? Две минуты потерять? Или классы настолько загажены, что в них строки по 2 тысячи символов и вообще ничего не понятно?

А что за vcs? В git-е таких проблем нет. Переименуете файл и класс внутри в одной ветке, в другой правите содержимое класса, всё смёржится автоматом.

Больше уже ни ты ни другие никакого рефакторинга не захотят.

Ну, повторюсь, вот такая у вас команда. Которая не умеет мёржить, боится переименовывать и лучше поковыряется в коде с непонятными именами. Вас в Ирландии один завод ждёт :)

Но если вам так удобнее, то кому какое дело - работайте так.