с поддержкой всех возможных архитектур

Не надо всех. Все производители спектрометров - по крайней мере, мне лично исключения неизвестны, хотя могу допустить - продают прибор с компом, который гарантированно поддерживает требуемое железо (в виде спец-граф.карт или спец-контроллеров). Я могу понять, когда на борду заведены вылизанные алгоритмы матричных вычислений, если мощи хватает. Но от других операций борду, ИМХО, надо максимально освобождать. Если предполагается передача только обработанного спектра, то, видимо, можно обойтись и без SQL-сервера, но с ним мне было бы как-то проще. Если же идея состоит в продаже прибора за минимальные бабки без внешнего компа (предполагается, что комп подходящей мощности у клиента найдется), то это дополнительное условие меняет подход радикально. Тем не менее, вариант с Origin однозначно будет наименее затратным по времени и усилиям в обоих случаях.

разпознавалка спектров по базе данных тоже внутри сидит

И это, имхо, глубоко неправильно. Потенциальная причина нехватки ресурсов в какой-то момент времени. Лучше выносить на внешний десктоп, даже если она хорошо оптимизирована. Впрочем, тут нужно знать все детали, поэтому мои воззрения могут быть далеки от оптимума.