при том как ему перемещать шкафы, как сделано в вашем примере 3. Там есть кнопочки, а в пример 1/2 их можно всунуть только к каждому шкафу. (По крайней мере я не вижу другого решения)

Кнопочки я допавил специально, чтобы показать, что за редактированием (удалением полок/стеллажей, перемещением или добавленийм полок/сталлажей (я этого не делал, но далается точно также как и удаление/перемещение) ) не стоит никаких особенных действий - просто изменяется соответствующая коллекция объектов.

У Вас в примере всегда только одно окно, а их должно быть минимум два.

Совершенно не важно сколько окон ;) Данные одни и теже, просто они по-разному отображаются. Чтобы продемонстриторать это, в последнем примере есть нижняя часть, где слева отображается информация о стеллаже, а справа о полке. (надо сначала выделить стеллаж, а потом полку. сразу у меня не получилось сделать так, чтобы при выделении полки автоматически выделялся и стеллаж. решение, я уверен, есть, а для демонстрации и так сойдет :))

Одно окно исключительно для редактирования конфигурации шкафов, которое будет доступно не всем и второе окно сконфигурированные шкафы с данными - им могут пользоваться все.

Не понимаю, почему тебя так смущает количество окон? В чем тут проблема? Ведь в конфигураторе шкафов будет отображаться тот же самый объект, что и для всех пользователей. Разница будет только в используемых контролах (в одном случае TextBox, в другом TextBlock)

и где тут один единственный шкаф?

Этот класс представляет всю библиотеку. Шкаф - это Rack.