Ты просишь не отправлять тебя учить С#.

Но без этих знаний ты не можешь написать код.

взял метод "do", что бы крутилось пока не выполниться

-----

Не взял метод, а использовал оператор. Как выглядит оператор и как он работает вполне нужно/можно смотреть в доках.

проверял методом "while", если команда выполнена, поставить галку в чеклистбоксе,

-----

Вхиле - тоже не метод, тоже оператор.

Если его рассматривать так как описно у тебя, то

while (resultat != param.ToString()) /* именно эта часть - до точки с запятой - должна выполнятся.*/ ;

Но твоя проблема в том, что данный вхиле - не тот вхиле который ты ожидаешь/описываешь. Это часть ДО - смотри в доках детали.

В программировании на языках типа Шарпа конструкция означает не то что ты для нее задумал, а то что определено синтаксисом языка... даже если вроде как должно быть по-другому - будет так как написано. По-другому - не будет.

но он почему то вначале выполняет команды, а потом уже пишет разом весь текст в чеклистбокс и ставит галки.

-----

Прими на веру - там делается именно то, что написано в программе.

Раздели на три части:

- Менеджер - читает фаил, отдает строки Парсеру, отдает блоки Команд Исполнителю и помещает нужное в ЧекедЛистБох.

- Парсер - каким угодно методом нарезает полученную строку на блок Команд.

- Исполнитель - выполняет Команды и сообщает результат.

Ну и, разумеется, Команды оформи как Команды.

Чем меньше кода тебе надо будет рассматривать за раз - тем быстрее ты поймешь где у тебя проблема.

1. Вписать в чеклистпокс текст

-----

Ну тут самая первая проблема в том, что непонятно какой текст вписывать в чеклистбох. Откуда его брать - не написано...

Честно говоря, Я до сих пор не до конца понимаю, что именно ты называешь командой.

Сначала это

было - < Текст >< Запятая >< Цифра >
потом < Текст >< Запятая >< Число >
потом < Текст >< Запятая >< Текст >< Запятая >< Цифра >
потом < Текст >< Запятая >< Текст >< Запятая >< Цифра >< Запятая >< Текст >< Запятая >< Цифра >...
[/пре]

Насколько Я могу судить - у тебя есть нечто, что базируется на строке текста имеет: 
- текст который нужно поместить в ЧекедЛистБох, 
- должно содержать одну и более Комманд, 
- возможность выполнить
 команды 
- сообщить результат... 
Это может быть таким:
[pre]    
class TCommandBlock
    {
        public TCommandBlock(string text)
        {
            if (TParser.Validate(text))
                throw Exception("Wrong command text");
            Text4ListBox = TParser.GetListBoxText(text);
            Commands = TParser.GetCommands(text);
            Status = TStatus.Unknown;
        }
        public string Text4ListBox { get; internal set; }
        public List<TCommand> Command { get; internal set; }
        public TStatus Status { get; internal set; }
        public bool Execute()
        {
            bool result = true;

            //  here should be a code to execute block of the command
            // it should change result to false if fail

            if(result == true)
            {
                Status = TStatus.Ok;
            }
            else
            {
                Status = TStatus.Fail;
            }
            return result;
        }
    }

Разумеется, что это мало похоже на то что ты ожидаешь и тебе непонятно куда его пристраивать... но чтобы понять - надо учится.

Пока скажу что Менеджер должен получить строку из файла и создать ТКомманБлоцк на базе этой строки. Потом - управлять заполнением чецклистбоха, выполнением блока Комманд и проверкой статуса после выполнения.