Похоже одну проблему решил. Как стандартное приложение пилить под запросы клиентов.

В итоге оказалось довольно просто для приложений типа "баальшой диалог" (без МДИ). Пока пробую винформс, но WPF похоже должен работать то такому же принципу.

Главное требование к приложению - должно быть написано с использованием Model-View-Presenter. Если всё крутится в коде формы, то переписать. Главное иметь интерфейс для главного вьюва.

После делим элементы интерфейса на связанные группы (или пользует отдельно каждый контрол) и помещаем эти группы в юсер контролы.

Теперь просто заменяем старую имплементацию вьюва (class MainForm: Form, IMainView) на новую (class MainForm: IMainView) где прямое использование контролов меняется на контролы из новых груп.

Вызов и загрузка приложения также переписывается через интерфесы, но тут особых проблем нет. Обмен данными также через интерфейсы и команды. Главное - на "линии разреза" только интерфейсы.

Теперь хост приложение делает какую требуется форму и в местах расположения "стандартных" контролов располагаем обычные панельки в которые и вставляются юсерконтролы из "стандартного приложения".

Если кому это понадобится могу подробнее расказать.