Не вижу никакого случая, чтобы делать енто всё общим на машину.

Собственно говоря, есть 2 способа: 1) самостоятельно запились менеджер загжаемых библиотек или 2) использовать имеющийся механизм.

Написать самостоятельно - не так уж и сложно, но это дополнительный код который надо тестировать.

Я лично не вижу принципиальной разницы.

Для начала, микрософтовского инсталлера нет и будет

Ну сами себе злобные Буратины :) Просто для интереса, а что вы используете?

Когда-то хотели только его и пользовать, начали усиленно тестить и пришли к случаю, что прогу ни удалить ни установить по новой.

Вы просто не умеете его готовить :) Наверняка нарушали "правило компонентов" ;)

Кроме того сейчас можно достаточно просто вывести список всех локальных файлов, что вместе с ехе живут. А так прийдется извращаться.

Вот это вообще не понял.

Также пользователи обычно не имеют прав админа, так что обновление возможно только в заранее оговоренный каталог. Да многое еще чего можно найти.

Это ограничение системы, а не установщика. MSI отлично может работать без админских прав.

А для тестов GUI было бы интересно узнать решение для винформс и контролов сторонних разработчиков.

Для винформс все вообще просто - у каждого контрола есть свой уникальный ID. Ищешь окно, берешь контрол - делаешь с ним что что хочешь.

Сложнее с WPF. Но и там есть AutomationID (если память мне не изменяет).

Это смотря какие цели ставить. Вот при нажатии на меню Открыть и на кнопку открыть будет открываться окошко? Это будет тоже самое окошко? А что будет если будет нажато Ок или Отменить?

Все это можно проверить и без GUI. Тут скорее вопрос о том, подумал ли кто-то о возможности тестирования на стадии разработки.