SQL - это не то же самое, что MySQL.
Есть SQL - это, грубо говоря, язык манипулирования табличными данными.
Есть СУБД - системы управления базами данных - поддерживающие использование SQL для работы с ними. Пример СУБД - это MySQL, а также, помимо него - Oracle Database, Microsoft SQL Server, PostgreSQL, IBM DB2 и еще туева хуча других. У каждой из них - своя ниша, свой типовой круг задач и свой диалект SQL (как правило, плохо совместимый с диалектами SQL в остальных СУБД).
Обращаться к БД при повседневной работе напрямую "руками" через SQL - сродни хардкорной работе в командной строке. Поэтому пишутся программы-фронтэнды (оболочки), представляющие из себя графический интерфейс (или веб-приложение), который, грубо говоря, транслирует действия пользователя в SQL-запросы к СУБД. Нажал на кнопку - программа выполнила SQL-запрос и показала результат.
На чем писать такой фронтенд - решается постановкой задачи, имеющимся программным и платформенным окружением, навыками, желаниями, фазой луны и т.д.
Сложилось так, что PHP часто используется как язык для написания веб-фронтендов для базы в MySQL. Это эдакая устоявшаяся связка.