Во-первых, наверное, не на таможне. Это стало уже расхожим штампом на форуме, что "таможню инересует исключительно содержимое Ваших чемоданов". Поэтому интересно было бы узнать вс╦-таки кто и где Вам это сказал.
Во-вторых, срок действия ВНЖ, вклеенного в паспорт, как правило не может превышать срока действия самого паспорта. Поэтому логично, что в паспорте с ВЫШЕДШИМ сроком действия и срок действия ВНЖ тоже ист╦к. Речь же шла о том, что можно въезжать со старым паспортом с ещ╦ действительным ВНЖ.
В-третьих не совсем ясены Ваше гражданство и статус. Гражданин России, стоящий на консульском уч╦те в Эстонии и имеющий вид на жительство в Германии? Если Вы гражданин России, то можете в Германии получить загранпаспорт и не состоя здесь на консульском уч╦те.
В-четв╦ртых, получив новый загранпаспорт в Эстонии, Вы можете получить въездную немецкую визу прямо в германском консульстве в Эстонии на основании действующего ВНЖ в старом паспорте.