Ситуация такая: Я родилась в Казахстане, затем мы с родителями и бабушкой переехали в Германию как ПП. В 2 года мне выдали немецкий детский паспорт (Kinderausweis), затем в 4 года переехали в Россию.

в каком году Вы выехали из Германии?

Важно: до этого наша семья жила в Казахстане, и, насколько я понимаю, сначала у нас было казахстанское гражданство, затем мы получили немецкое, а уже потом — российское.

это действительно важно, и Вам следует этот вопрос (в каком порядке были приняты немецкое и российское гражданство) выяснить.

Но немецкий паспорт у отца сохранился и он его обновлял в Германии, последний истёк только в 2023 году. То есть его гражданство — действующее.

судя по тому, что Вы рассказываете, гражданство отца - недействующее, и он пользуется немецким паспортом незаконно (скорее всего скрывая от немецких властей приобретение гражданства РФ).

Я также где-то читала, что если ребёнок получает гражданство другой страны после немецкого, особенно в случае получения от родителей, немецкое гражданство не теряется. Подтверждается ли это на практике?

в отдельных случаях (к которым Ваш не относится) действительно не теряется (точнее не терялось, поскольку с 24.06.2024 принятие иностранного гражданства основанием для утраты немецкого не является).