можно обосновать, почему суд должен рассматривать этот иск как иск по бездеятельности (т.е. в рамках § 75 VwGO)?

Потому что я считаю, что заявление было подано истцом и получено ответчиком. Тот факт, что последний впоследствии физически отправил заявление обратно истцу, не влияет на состоявшиеся факт подачи заявления и соответствующее волеизъявлени заявителя (ответчик этого, кстати, тоже не отрицает). Всё остальное - это уже, соответственно, бездеятельность относительно нерассмотрения заявления за прошедший до подачи иска срок.

эта скидка, если мне не изменяет память, действует только, если не требовать вынесения решения по судебным издержкам (т.е. при согласии самому их оплатить), или?

Не только, там несколько вариантов (пункт 5111):

Хотя я не понимаю первую часть пункта 4, ведь суд всё равно должен принять решение по распределению судебных издержек даже если стороны единогласно заявили о решении вопроса по сути…