Я на пару постов выше писал о договоренностях не употребляя словосочетания "устоявшаяся практика".Вы утверждаете что есть некое соглашение. Значение слова соглашение в широком смысле можно посмотреть в словарях.
Но в сложившемся контексте вы говорите, что есть какой-то документ между КЗ и ДЕ в котором обе стороны договорились об изъятии паспортов.
Если есть, то покажите его.

я такого не говорю. Вы сочиняете на ходу. предложение заглянуть в словари принимаю:

Толковый словарь Ожегова

СОГЛАШЕНИЕ, я, ср. 1. Взаимное согласие (во 2 знач.), договорённость. Прийти к соглашению. Тайное с.

Вот хорошие слова которые вы и употребили вместо "соглашения" - договоренности и согласования.
Уверен что немецкие органы обращались к казахстанским органам за разъяснением норм об утрате гражданства. И я тоже обращался официально с просьбой разъяснить как мне передать документы удостоверяющие личность. Мне официально ответили, что любым способом. То есть хоть по почте, хоть лично принести, хоть через третьих лиц. У меня есть такое разъяснение от МВД. Поэтому не вижу никаких проблем с тем что ЕБХ передает собственность Казахстана (паспорт Казахстана является собственностью РК) в казахстанское консульство. Казахстанское консульство вместе с паспортом еще и получает официальный документ что их бывший гражданин получил гражданство Германии. Какие протесты могут быть?

еще раз: я абсолютно уверен, что Германия не стала бы этого делать по собственной инициативе. если у Вас есть доказательства противного, то покажите их.