Я работал четыре года полным научным сотрудником в Мюнхенском университете (ЛМУ), преподавал и т.д.

Wissenschaftlicher Mitarbeiter? А в LMU нет ограничения на максимальный срок, который можно на кафедре как WM работать? 6 лет?

Защищу диссер и продолжу работать.

Вы уверены? Когда универ заинтересован в сотруднике ему уж на полставки находят место чтобы он не сваливался на §16, даже когда заканчивается стипендия. Вы сейчас на какой-то должности на кафедре числитесь?

Про "без проблем получили пока писали диссер" - можно. Например, диссертацию можно писать, работая на боше/сименсе и те пе. Проработал 2 года на должности, подходящей под Blaue Karte и подавайся на NE, диссертация не помеха. С 16-го параграфа на NE или DA-EU не перейдёшь.

На гражданство можно подавать и можно даже получить. По $8 StAG. Почитайте про Ermessenseinbürgerung bei besonderem öffentlichem Interesse. Но пока вы даже докторскую не защитили, вряд ли чиновники решат что вы так уж необходимы Германии.