Можно ещё уточнить: является ли защита докторской в Германии какой-то особой "заслугой" для иностранца с т.з. иммиграционной политики (я слышал о чём-то таком, но не могу найти никаких подтверждений)?

Далеко не каждая защищённая докторская и далеко не в каждой земле. В некоторых землях особыми интеграционными успехами считаются знания немецкого на уровне В2 и выше, докторскую при этом иметь не обязательно. В Баварии до последнего это было недостаточно, сейчас, вроде как, ситуация изменилась, но это не точно.

И могу ли я сделать параграф 18b, когда официально получу степень (т.с., "задним числом)?

Почему задним числом? Поскольку у Вас сейчас ВНЖ с целью образования, после успешной защиты Вы сможете получить полтора года для поисков работы.

Не хотелось бы судиться, тратить лишние силы.

Это понятно, тем более, что судиться в Вашим случае бесполезно (см. анализ выше).

Еще вот какой вопрос: ни у кого из десятков моих знакомых-бывших докторантов не было проблем с получением NE после защиты или во время неё. А некоторые получили сразу после пары лет гражданство (их руководители написали им письма , что они являются особо важными кадрами для немецкой науки). Насколько велик мой шанс получить сразу гражданство? Мой руководитель, очень известный в мире учёный, и ещё пара других ученых, готовы мне написать такое письмо.

У каждого ситуация своя, всё зависит от типа ВНЖ, длительности пребывания в Германии и ещё кучи факторов. Письмо, конечно, стоит приложить, но не следует рассчитывать, что Вам после этого сразу же выдадут NE.