Законно ли такое написание в Германии?

Насколько мне известно, буквы č в немецком языке не существует.

Хе-хе. Да, совершенно законно, поскольку Вам выдали Urkunde с написанием по ИЗО-норме. Достаточно частое явление, особенно на юге Германии.
Если бы у Вас имя и фамилия были такими, что при транслитерации по ИЗО-норме требовались специальные значки, они были бы и там. Вам, видимо, повезло, что только в отчестве.

Я хочу, чтобы моё имя писали без отчества, чтобы не менять все немецкие документы.

Вы можете отказаться от отчества в Standesamt прямо сейчас, еще до того, как заказали немецкие паспорта.

Возможно ли Namenserklärung после выдачи Einbürgerungsurkunde, но перед заявлением на выдачу паспорта?

Да, именно так это и делается.

3. Возможен ли вариант поменять саму Einbürgerungsurkunde и написать Vorname без отчества на том основании, что в переводе моего Свидетельства о Рождении (заверенного апостилем) ...ович указывается, как Vatersname, а не как второе имя?

Сильно сомневаюсь, но можете попробовать. Хотя просто отказаться от отчества намного проще и быстрее.