Подскажите, пожалуйста, на какой независимый от жены параграф он может рассчитывать сейчас?

После полуторагодичного нелегального пребывания в Германии? Вряд ли на какой-либо, разве только идёт о работе, которая соответствует требованиям Вlue Card.

Могут ли его вообще лишить права пребывания в Германии за то, что он после 3,5 лет не изменил параграф, и продолжал жить по Aufenthaltskarte.

Не могут, т.к. права пребывания у него уже полтора года как нет. Его Aufenthaltskarte уже полтора года как превратилась в тыкву и не является доказательством права пребывания.

Хотя он не понимает, зачем нужно было ему идти в АБХ тогда в конце 2018г, если они не развелись и не собирались.

Идти ему не нужно было, АВН следовало было самому вызвать его тогда "на ковёр" и допросить по горячим следам, но они почему-то это не сделали. Бывает. Тем не менее, ситуацию это не упрощает, а даже усложняет.

Какой ответ ему сейчас написать?

Честный.