Да, контракт в силе. Официально работаю на немецкую фирму. Зарплату платит немецкое юрлицо в немецкий банк.

В таком случае можете отсутствовать в Германии до одного года, согласовывать это отсутствие с АВН не нужно. При этом очень желательно сохранить зарегистрированное место жительства в Германии на срок отсутствия.

1. Еду с немецкой BC в Португалию, там меняю её на португалькую BC.

Не меняете, а получаете потругальскую ВС вдобавок к немецкой.

При таком раскладе для получения NE мне нужно будет через год вернуться в Германию с португальской BC и подасться на NE. Рабочий ли это вариант?

Да.

Не нарушаю ли я каких-либо предписаний для получения NE такими махинациями?

Нет.

Могу ли так же рассчитывать на DA-EU через +1 год (так как уже буду 5 лет в EU: 4 года в Германии + 1 в Португалии)?

Да, на немецкую DA-EU после возвращения из Германии.

Как и где именно брать термин в Ausländerbehörde по такому вопросу?

Я бы в Вашей ситуации настоятельно рекомендовал подавать заявления на продление ВС и выдачу NE с самого начала в письменном виде почтой, заказным письмом с уведомлением о вручении (Einschreiben mit Rückschein). Это повысит вероятность принятия законного решения по нему.