Не может все основываться на свободной воле чиновника, он должен опираться на правила

Вы абсолютно правы, что не может. Но для Вашей ситуации точных правил у чиновников нет, а закон написан не на 100% однозначно, да он и не один, есть директива ЕС, есть немецкие законы, где есть разные положения. Не всегда полностью они идентичны. Конкретные критерии в Вашу пользу, но есть и более общие положения, которые в итоге могут сыграть против Вас при длительном проживании вне ЕС/Германии. Без решений судов никто точно не скажет, как сохранить ПМЖ.

Но если краткосрочные приезды, прописка и оплата медстраховки могут не спасти от лишения DA-EU, то остается только контракт с Чехией. Тогда, как поняла, надо обязательно делать abmeldung. Может пойти в arbeitamt, чтобы зафиксировать работу в EU?.

Проживание в ЕС с немецким Da-EU - еще более непонятная область для немецких чиновников, чем проживание вне ЕС. Плюс Вы же выпишетесь в Чехию, так что они будут знать, что Вы выехали. Поэтому все равно готовьтесь к вопросам со стороны АБХ. Тут два варианта - либо Вы их завалите чешскими бумажками и они будут вынуждены отступить, либо они будут выяснять так же предметно, где же Вы реально проживаете. По штампам в паспорте, например.

По закону - все равно, живете/ не живёте ли Вы фактически в Чехии или в Германии, если меньше 6 лет. То есть с точки зрения закона этот финт с переездом сомнительную пользу несёт.

На практике - никто не знает. Будет интересно, если расскажете, когда вернётесь.