По правилам /интересы в россии больше, чем в германии/ могут забрать DA-EU.

Нет, это не так, эти правила касаются только Niederlassungserlaubnis (NE). Для сохранения Da-EU необходимо прерывать 12 месячное отсутствие в ЕС. Точно никто не знает, что для этого необходимо, но есть серьезные основания считать, что простого въезда в ЕС достаточно (так написано, например, в солидных юридических комментариях). Тем не менее, пока Вы сохраняете реальное место жительство в Германии, что подтверждается в том числе штампами, даже если бОльшую часть года проводите в России, сильно волноваться не о чем. В самом худшем случае, придется побороться с чиновниками, может быть, даже до суда дело дойдет. С очень хорошими шансами на благоприятный исход дела. 100% гарантий никто Вам не даст, не хватает пока судебной практики по лишению Da-EU, но у Вас же нет особенного выбора...

Затея с переездом в Чехию тоже не совсем понятная, Da-EU-то все равно немецкий, и так же придется разбираться, где Вы были во время отсутствия в Германии. Удаленная работа из России на чешскую фирму что должна по Вашему мнению доказать немецким чиновникам?