Выезжали из КЗ как переселенцы на ПМЖ, в Германии получили паспорт немецкий и вернулись сразу в Казахстан по семейным обстоятельствам, по каз. паспорту прошли погран. контроль. В Германии паспорт КЗ не изымали у нас. Теперь на руках два паспорта и не знаем как выехать обратно.

В Германии ни у кого не "изымают" паспорта других государств.

Самим нужно было свои документы в порядок привести

Вы нарушили закон Казахстана, не сообщив о получении иного гражданства, не оформив утрату и не получив ВНж как иностранцы.

Попробуйте выехать через РФ.

Выезжать из РФ в Германию лучше, наверное, не самолетом.

Если самолетом, то в итоге приднтся засветить оба паспорта одновременно.

По идее, и перевозчику, и погранцам должно быть до лампочки наличие у вас двух паспортов.

Но они всегда такие непредсказуемые

Может быть, проехать до Белоруссии и уже из Белоруссии в ЕС?

Вам, наверное, с казахским паспортом и в Белоруссию без визы