Может ли это быть причиной отказа в гр-ве ребёнку ?
Вы на самом деле такая наивная или прикидываетесь?
У Вашего сына есть гражданство Армении, как раз таки потому, что у Вас оно имеется, а "в графе отец стоит прочерк". Ну а то, что Вы ему не оформляли паспорт - никакого отношения к наличию гражданства не имеет.
Статья 11. Гражданство ребенка, родившегося от граждан Республики Армения
Ребенок, родители которого на момент его рождения являются гражданами Республики Армения, независимо от места рождения приобретает гражданство Республики Армения.
Ребенок, один из родителей которого на момент его рождения является гражданином Республики Армения, а другой неизвестен или явлается лицом без гражданства, приобретает гражданство Республики Армения.
В случае, когда один из родителей на момент рождения ребенка является гражданином
Республики Армения, а другом - иностранным гражданином, гражданство ребенка
определяется по письменному соглашению родителей.