Да, но откуда следует, что это косяк? Может, это политический момент?

Возможно.

Государства-члены, бывает, годами не соглашаются приводить свое законодательство в полное соответствие с европейским, и это все-таки не дело национальных судов, определять, когда и как конкретно это должно произойти.

Верно, но это уже совершенно другая история (неимплементиция директивы и некорректная её имлементация), с разными последствиями.

ГК - это европейский проект, реализуемый в каждой стране по своему (согласно европейским нормам). Это не какой-то европейский ВНЖ, который выдается Брюсселем.

ГК - это часть европейского законодательства, которое должно быть реализовано в национальном законодательстве государств-членов в соответствии с директивой.

В Германии европейская ГК реализована в виде соответствующего ВНЖ, и этот ВНЖ теряет силу в соответствии с AufenthG, а не директивой.

А если бы Германия в AufenthG прописала, что немецкий EzDAEU тоже теряет силу при выезде невременного характера либо отсутствии в Германии (без разницы, в пределах ЕС или вне его) более шести месяцев, Вы бы тоже ничего не возражали?