голландцы четко пишут, что "the IND automatically checks if you can also get the residence permit as long-term resident EC". Лично для меня слово also говорит о четкой возможной комбинации голландской NE+DA-EU.

Далеко не факт. Вполне вероятно, что они имели в виду "система также проверяет, выполняются ли предпосылки для выдачи нидерландской DA-EU [и если они выполняются, вместо местного аналога немецкой NE, наверное, выдают DA-EU]".

И более того, для голландского DA-EU, они требуют именно 5 лет пребывания в Голландии (а не пребывания по голубой карте) - см третью ссылку.

Это стандартный случай, но все государства-члены ЕС, в которых введены ВС и DA-EU, обязаны засчитывать срок пребывания по ВС в других странах при выдаче своей DA-EU, если иностранец во всех этих государствах пребывал по местным ВС.

Как мне кажется, директивой предполагается, что, "раз вы такой крутой специалист, то можете прыгать из страны в страну 3 года по голубой карте, а потом, пожив в Голландии 2 года, получите голландский NE".

Верно, см. Art. 16 директивы 2009/50. Работает это, кстати, не только в NL, но и во всех государствах-членах ЕС, где существуют ВС и DA-EU.

Может быть, отдельную тему создать о регулировании ВК в других странах?

Этот сайт, в принципе, посвящён немецкому праву, но можете попробовать. Возможно, кто-то поделится своим опытом других государств.

Мне так же кажется, что "продвинутый" DA-EU по задумке ЕС предполагает именно 5-ти летнее пребывание по BC, а не просто факт того, что до получения DA-EU его обладатель держал BC.

Если бы он ээто предполагал, это было бы соответствующим образом прописано в директиве, но нет.