Меня уже несколько дней мучает вопрос: неужели в директиве не было дано чётких указаний на счёт того, можно ли обладателям ВК так же выдавать местные ПМЖ в каждой стране "в довесок"?

Нет.

создается впечатление, что либо проблему игрнорирует, либо по закону проблемы нет и ее создают АБХ на местах.

Видимо, немногих интересует такой вопрос, поэтому он до сих пор не решён на уровне государства Германии. ЕС тут, по большому счету, ни при чём.

Я думаю, что если бы директива запрещала обладать дополнительным ПМЖ в придачу к BК, то вся суть этой программы сводится на нет. Вернее, сводится на въезд в одну страну, перечеркивая "вселенскую европейскую мобильность кадров".

Целую директивы - привлечь высококвалифицированных иностранцев в ЕС, при этом, разумеется, возникает конкуренция между государствами-членами ЕС. Германия изначально установила относительно низкий зарплатные порог для востребованных специальностей, а потом вот ещё и с выдачей NE фактически ставит перед выбором между мобильностью в ЕС и оседлостью в Германии (по крайней мере, судя по ответам саксонского LDS). И судя по тому, сколько это все уже длится, точку в этом вопросе может поставить только суд, до которого дело (пока что) ещё не дошло.