но все же, в чем плюсы второго варианта?

В том, что оба ВНЖ будут указаны на одном документе, который предназначен именно для этого. В принципе, отдельная справка от АВН тоже должна сойти, но лучше всё же второй вариант.

Они мне предлагают выдать новую карту НЕ с примечанием о владении ГК - но ведь у меня уже есть такая же карта с этим же примечанием. Какой мне резон получать новую карту идентичную той что у меня уже есть?

Никакой, но раз уж Вы подали заявление на продление ВНЖ, АВН его рассмотрело и вот теперь предлагает варианты реализации своего решения.

В обоих вариантах они мне предлагают выдать бумагу с АБХ подтвердающую владение ГК. Насколько я понял, речь не идет о Zusatzblatt zum Aufenthaltstitel?

Нет, во втором случае речь идёт именно о Zusatzblatt к NE, а в первом - о дополнительном письме от АВН, которое подтверждало бы параллельное обладание ВС.

Насчет ограничений в работе, если честно, я не совсем понимаю разницу между "Beschäftigung" и "Erwerbstätigkeit" - гугл их обоих переводит как employment)) Пожете объяснить пожалуйста?

Beschäftigung = работа по контракту, Erwerbstätigkeit = Beschäftigung + selbständige Tätigkeit.