У не расписанных родилей отец ребенка должен признать отцовство, мать должна признать отцовство тоже. Тогда если отец ребенка немецкий гражданин, то у ребенка нем. гражданство появляется авоматически. Ничего на гражданство подавать не надо. Надо всего лишь получить немецкий паспорт ребенку. как только вы признаете отцовство или ваш молодой человек добьется признания через суд у вас с отцом будут нa ребенка абсолютно одинаковые права. Ни он не имеет бoльше прав, ни вы.

Тут у меня вопрос, когда отец подаст докумерты на гражданство, не должен ли ребенок УЖЕ проживать на территории Германии

НЕТ, так как документы на гражданство подавать не надо, оно будет у ребенка по рождению автоматически. Если бы у ребенка не было немецкого гражданство, то для получения ребенком немецкого гражданства - нахождение ребенка в Германии не достаточно, надо было бы выполнять еще кучу других предпосылок.

И в случаи развода ( ранее 3 лет ) отец, вероятно будет иметь больше прав на ребенка.

не будет, у вас будут одинаковые права. Причем нахожение в браке (долго или коротко) на это никак не влияет. Брак в данном случае вообще никак не влияет ни на что.

Как мне лучше поступить, чтобы всегда иметь больше прав на ребенка

никак или рожайте от неизвестного доннора из пробирки.