Если так, к примеру, мы живем в Украине, а раз в год на 1-2 месяца приезжаем в Германию (у него здесь дети, братья и сестры).

И про это уже в этом топике неоднократно написано.

Когда и если у Вас через 3 года будет NE и муж-немец, жить за границей будет возможно, пока будет существовать этот брак. Но если брак прекратится (или даже если муж хотя бы заявит о намерении прекратить брак), Ваш NE при таком режиме отсутствия в Гермаии сразу утратит силу. А гражданство, если Вы его получите, никуда не денется.

То где будет фиксироваться наше присутствие в стране? Или, где фиксируется наше отсутствие в стране?

Во-первых, по штампам в паспортах всё видно. Во-вторых, достаточно сняться с регистрации в Германии (выписаться), чтобы это увидели. Ну и медицинскую страховку при таком длительном отсутствии тоже обычно прекращают платить, это тоже сразу видно. Так что шанс, что Ваше отсутствие будет замечено, весьма велик.

Можно представить фантастическую ситуацию, что Вы с мужем, несмотря на почти постоянное отсутствие в стране, не выписываетесь в Германии и продолжаете платить медицинскую страховку, а на границе у Вас не будет поставлено ни одного штампа, тогда да, если шанс проскочить. Кстати, а как Ваш муж собирается жить на Украине? Он согласен заниматься получением украинского ВНЖ?

Если хотите иметь возможность в любой момент вернуться в Германию, только гражданство является действительно надежным вариантом.