Паспортный контроль зависит от того, откуда Вы летите. Если из стран ЕС, то будет 100%. Если транзитом самол╦том из страны Шенегена через страну Шенгена с пересадкой в аэропорту в Шенген, то паспортный контроль будет только на предмета сравнения им╦н в паспорте и билете. В наземном варианте не будет вообще. При пол╦те из страны Шенгена (не транзитом) в страну Шенгена паспортный контроль происходит в стране вылета, а не прил╦та. То есть, если кто-то попытается вылететь из Германии в Грецию без шенгенской визы (допустим, нелегал, просочившийся в Италию со стороны моря, а потом попавший в Германию, воспользовавшись отсутствием границ), то его завернут сразу.
То, что Вы не видели будок в Греции, говорит о том, что Вы летели из Шенгена, и в аэропорту Вам не дали смешаться с пассажирами, летевшими не из Шенгена.
Таможенный контроль может производится выборочно, если у полиции есть на то желания или подозрения. Пример тому - частый контроль между Голландией (Шенген) и Германией (Шенген) на предмет обнаружения травки. Кстати, Голландия ввела сейчас строгий паспортный контроль в аэропортах и на наземных границах в отношении всех стран, включая Шенген, в связи с выросшим числом нелегальных переселенцев из Германии и со стороны Бельгии.
Надо сказать, что возможность вводить паспортный контроль странами Шенгена всвязи с необходимостью оговорена в Шенгенском соглашении. (статья 2.2) Так, например, Италия ввела паспортный контроль на всех границах с 14 по 21 июля 2001 года из-за встречи "восьм╦рки" в Генуе, Португалия делала это с конца мая до начала июля 2004 года из-за чемпионата мира по футболу, на границе между Испанией и Францией был введ╦н временно введ╦н паспортный контроль в 2002 году из-за саммита ЕС.