При изменении учебного Aufenthaltstite на брачный ему дали сразу Aufenthaltstite на 3 года, из которых на данный момент прошло 2. То есть по сути NE по браку он может получать уже через год, но вопрос в том, что в эти три года пребывания до получения NE по браку вроде как должны так же зачитываться сроки его пребывания на территории Германии до вступления в брак(с целью учебы-в половину параграф 9 NE abs.4 p.3)

Нет, не должен засчитываться и не засчитывается. Параграф 9 в таком случае не применяется, нужно три года брака.

Теоретически он может сейчас подать заявления на немецкое гражданство, но не получит его, если развод или раздельное проживание произойдут во время оформления выхода из гражданства РФ.

Вывод: либо с NE/гражданством растить чужого ребёнка, либо разводиться уже сейчас, но для дальнейшего пребывания в Германии искать иные основания. Впрочем, не стать отцом уже, наверное, не получится, если суд не разведёт до прошествия Trennungsjahr.