1) Снова поступить в немецкий ВУЗ на смежную специальность/другую образовательную программу

Этот шанс маловероятный, особенно если в Германии Вы уже закончили магистратуру.

После окончания учёбы при получении рабочего ВНЖ я подписывала бумагу, что моя учёба в Германии успешно окончена и не будет продолжена.

Кому Вы подписывали такую бумагу?

2) Собрать тонну бумаг и попытаться снова доказать свою состоятельность в freiberufliche Tätigkeit

Если предоставить примерно тот же объём деятельности/доходов, что у меня имелся до отъезда (и которого, очевидно, было достаточно, чтобы удовлетворить чиновников в Ausländerbehörde), можно ли рассчитывать на благоприятное решение о выдаче нац визы-> ВНЖ после перерыва?

Разумеет, можно.

Или для выпускников, работающих сразу после окончания ВУЗОВ, есть льготы/специальные правила, которые не распространяются на желающих приехать работать после длительного пребывания вне Германии?

Каких-то специальных льгот не предусмотрено.