Поэтому примечание, что иностранец - владелец BC, гораздо лучше, чем вообще никакого

Верно, но примечания "Inh. der Blauen Karte EU" и "Ehem. Inh. der Blauen Karte EU" - всё же разные вещи. Первое не обязательно свидетельствует о том, что на момент оформления DA-EU у его обладателя была ВС, он мог её дооформить уже после получения DA-EU. Кстати, интересный момент: как быть тем иностранцам, которые получили DA-EU ещё до внедрения ВС и могут её оформить/оформили? Ведь в таком случае, если соедовать букве закона (будь то директива или AufenthV), примечание "Ehem. Inh. der Blauen Karte EU" им уже не положено, хотя они, по сути, такие же молодцы как и те, кто оформлял DA-EU после ВС...

Хотя как раз в случае с примечанием законодательство Германии, очевидно, директиве не достаточно полно соответствует, и у АБХ нет обязанности примечание это вносить

Как же нету, если обязанность его указания прописана в §59 Abs. 3 Satz 4 AufenthV? Если, конечно, не принимать во внимание трактовку нюрнбержского АВН о том, что этот абзац применим лишь к ВНЖ-вклейкам, но не еАТ.

поэтому суд ЕС не может опираться на формальное техническое требование директивы, а будет устанавливать обстоятельства получения статуса DA

Суд ЕС (EuGH) не будет таким заниматься, он разве что растолкует положения европейского законодательства. Устанавливать обстоятельства получения статуса DA должны национальные суды.

Вывод тут такой, что если в момент получения Da-EU иностранец обладал BC, то он может отсутствовать до 24 мес в ЕС, вне зависимости от наличия примечания в Da-EU.

Но отсутствовать с правильным примечанием в DA-EU всё же спокойнее...